PT. Bank Perkreditan Rakyat (BPR) Nusa Intim didirikan pada tanggal 28 Februari 1998, berdasarkan akta notaris No. 91 olah Suprakoso, SH Notaris di Jayapura. Selanjutnya memperoleh pengesahan dari Menteri Kehakiman dengan nomor : C2-18435 HT.01.01.Th 98 tanggal 08 Oktober 1998.
Persetujuan prinsip pendirian PT. BPR Nusa Intim dari Menteri Keuangan RI dikeluarkan melalui surat Nomor : S-631/MK.17/1997 tanggal 24 Juli 1997. PT. BPR Nusa Intim memulai kegiatan operasionalnya pada tanggal 14 Juli 1999 setelah Direksi Bank Indonesia Nomor : 32/58/KEP/DIR tanggal 14 Mei 1999 tentang pemberian izin usaha PT. BPR Nusa Intim. Anggaran Dasar perusahaan telah beberapa kali mengalami perubahan, terakhir dengan Akta Pernyataan Rapat PT. Bank Perkreditan Rakyat Nusa Intim No. 11 tanggal 18 Agustus 2015 yang dibuat oleh Dewi Tenty Septi Artianty, SH. M.Kn, notaris di Jakarta. Perubahan ini telah disetujui oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia dengan surat No : AHU-AH.01.03-0957992 tanggal 20 Agustus 2015.
Pada tanggal 14 Juli 1999 PT. BPR Nusa Intim secara efektif memulai kegiatan operasionalnya dengan melakukan penyimpanan dana, baik dari para pemegang saham beserta keluarga, para dewan komisaris dan dewan direksi beserta keluarga dan kerabat dekat serta masyarakat umum.